هنگامی که امام علی(ع) به شهادت رسید، براساس وصیت، فرزندانش ایشان را شبانه به خاک سپردند و چند نقطه دیگر را برای دفن آن حضرت مهیا کردند تا مکان قبر مخفی بماند و خوارج و یاران معاویه امکان جسارت به مرقد و قبر مطهر را نیابند.

از مکان قبر آن امام همام تنها فرزندان، نواده‌ها و یاران خاص ایشان باخبر بودند. تا این که امام صادق(ع)، در زمان منصور عباسی، به سال 135 ق برای نخستین بار مکان قبر را نمایان کرد.

امام صادق(ع) فرمود: امام حسن(ع) ایشان را در اطراف کوفه و نزدیک نجف، جایی که از سمت چپ به "الغری" و از سمت راست به "حیره" محدود می‌شد، بین "ذکوات" و "بیض" به خاک سپردند. امام صادق(علیه السلام) ضمن بیان این موقعیت، اشاره می کند که سیل این قبر را ویران کرده است.

برخی از مورخان از این مکان با عنوان «پشت کوفه» یاد کرده‌اند و گفته اند: مزار امام علی(ع) در پشت کوفه قرار دارد؛ یعنی همان جایی که اکنون زیارت گاه اوست.

برخی نیز از این مکان با عنوان «نجف» یا «نزدیک نجف» یاد کرده‌اند. یاقوت حموی می‌گوید: نجف در نزدیکی قبر امیر المؤمنین علی(ع) قرار گرفته است.

بدیهی است شهر نجف با توسعه‌ای که یافت، مزار مطهر را در درون خود جای داد. درهرحال، مکان قبر امیرالمومنین(ع)، یعنی جایی که اکنون زیارت گاه اوست و به نام‌های مختلف در متون تاریخی یاد شده، مکان حقیقی و مسلّم دفن آن امام همام است.

نخستین بقعه و بنایی که برفراز قبر امام علی(ع) استوار شد در دوران خلافت هارون الرشید به سال 165 هجری بود. او، که به زیارت مرقد آن امام مشرف شد و معجزه‌هایی از این مکان دید، 11 ضریحی از سنگ سفید برای قبر ساخت و بنایی از آجر سفید و گنبدی از گل سرخ بر فراز آن استوار کرد و دیواری با چهار درب در جوار آن بنا نهاد. از آن به بعد، در اطراف مرقد خانه‌هایی ساخته شد.

متوکل عباسی، به سبب عنادی که با اهل‌بیت(ع) داشت، آرامگاه امیرالمومنین(ع) را چون مزار امام حسن(ع) ویران کرد. چندی بعد، محمد بن زید از پادشاهان شیعی طبرستان، معروف به داعی، در 287 ق عمارتی باشکوه بر مرقد مطهر بنا کرد که صحن آن هفتاد حجره و طاق داشت.

ابو الهیجاء عبدالها‌بن‌حمدان، حاکم شیعی موصل، در 283 هـ.ق گنبد بزرگ و باعظمتی بر فراز قبر ساخت و حرم را فرش کرد. در زمان المطیع لِلّه عباسی، یکی از نقیبان سادات علوی به نام عمر بن یحیی، به سال 350 ق برای آن حرم گنبد و قبه‌ای کوچک ساخت. سپس داعی صغیر، از علویان طبرستان، عمارت دیگری بر آن استوار کرد.

در عصر پادشاهان شیعی آل بویه، مرقد مطهر امام علی(ع) چون سایر مرقد و مزارها در عراق، توسط عضدالدوله بازسازی و توسعه یافت و عظیم‌ترین بنا بر آن استوار شد. بنای عضدالدوله تا 755ق باقی بود و در آن سال بر اثر آتش سوزی چوب‌های نفیس و زیبای آن به سرعت شعله‌ور شد و آتش را به دیگر جاها منتقل کرد. گفته اند دو قرآن، که به خط مبارک آن حضرت در داخل حرم نگه‌داری می‌شد، در آتش سوخت. پس از آن حادثه، کار بازسازی حرم را ایلخانان مغول و دست نشانده‌های آن‌ها از جمله سلطان اویس جلایری در 760ق به خوبی به انجام رساندند.

شاه اسماعیل پس از سلطه بر بغداد، به زیارت عتبات و مرقد امام علی(ع) در نجف رفت و کارهایی برای آبادانی شهر انجام داد. در دوران صفوی، بازسازی و توسعه حرم با شدت بیشتری دنبال شد. شاه عباس صفوی ضمن زیارت آن مرقد در 1033 ق، دستورهایی برای تعمیر حرم، گنبد و صحن صادر کرد. رواق‌ها را با فرش‌های گران بها پوشاند.

شاه صفی، نوه شاه عباس صفوی، وزیر خود میرزا تقی مازندرانی را امر کرد تا قسمتی از اطراف صحن و حرم را توسعه دهد. این کار در 1047 ق انجام شد.

نادرشاه افشار در 1156 ق دستور داد کاشی‌های گنبد و گل دسته‌ها را بردارند و به جای آن از خشت‌های طلایی استفاده کنند. که تاریخ طلا کاری آن برروی گنبد ثبت شد. در دوره قاجار نیز اقدام هایی برای توسعه و بازسازی حرم انجام شد.

در سال‌های اخیر هزینه فراوانی برای بازسازی، نوسازی، آینه‌کاری و طلا کاری حرم مطهر امام اول شیعیان از سوی نیکوکاران شیعه صرف شده است.

ابنا